mardi 8 janvier 2013

Des norovirus émergents à l'origine des gastro-entérites 2012


De Medscape France

Des norovirus émergents à l'origine des gastro-entérites 2012

Auteur : Dr Isabelle Catala
8 janvier 2013
Paris, France — Alors que le seuil épidémique pour les gastro-entérites a été franchi fin novembre en Languedoc-Roussillon et en Midi-Pyrénées puis en Aquitaine et dans le Nord de la France début décembre [1]. Une session de la 32e Réunion Interdisciplinaire de chimiothérapie anti-infectieuse(RICAI 2012) a été consacrée aux virus anciens et nouveaux responsables de ces infections : 5 millions de cas communautaires et 35 à 70 décès par an en Europe [2,3].
Si une immunité relative devrait être acquise avec l'âge, ce n'est pas le cas, notamment du fait d'une évolution constante des caractéristiques des virus en cause. Il faut aussi souligner la montée en puissance des norovirus qui mutent tous les 3 ans et qui seront logiquement à l'origine de l'épidémie hivernale 2012-2013 de gastro-entérite.

Les norovirus deviennent majoritaires


Si chez l'enfant de moins de 5 ans, le rotavirus du groupe 1 reste majoritaire (49 %), d'autres virus peuvent être en cause. Les norovirus sont majoritaires dès l'âge de 5 ans et à l'origine de 80 % des gastro-entérites chez les plus de 65 ans. Les astrovirus, adénovirus 40 et 41 ou sapovirus sont aussi en cause.
« Grâce aux progrès constants des techniques de biologie moléculaire et notamment du séquençage, d'autres pathogènes émergents ont pu être identifiés : aichi virus (classe des Picornaviridae), paraéchovirus, rotavirus groupe B et C, coronavirus, torovirus, picobirnavirus », explique le Pr PierrePothier (CNR virus entériques, Dijon).
Certains facteurs influencent l'épidémiologie : des facteurs de contagiosité (eaux souillées, promiscuité…) et l'existence ou non d'une protection vaccinale. Mais avant tout, ce sont les modifications des caractéristiques génétiques des rotavirus et des norovirus existants qui sont à l'origine des émergences de nouveaux pathogènes. Les modifications du génome viral de ces virus à ARN ont lieu par glissement, saut ou recombinaison. Ils acquièrent donc de nouveaux antigènes contre lesquels la population est encore naïve.

Norovirus, un virus particulièrement contagieux


Les épidémies à norovirus ont été décrites à partir de 1990 quand les techniques de RT-PCR ont permis de les individualiser dans les selles, puisque ces virus ne se multiplient pas en culture.
Le réservoir humain de ces virus est ubiquitaire et certaines particularités les rendent particulièrement contagieux : quantité importante dans les selles (105 à 109 particules virales par gramme de selles), excrétion prolongée jusqu'à 3 semaines, dissémination dans les vomissures, stabilité dans l'environnement pendant 2 mois, dose infectieuse faible (200 à 1 000 particules virales), résistance aux désinfectants courants dont certaines solutions hydroalcooliques.
Les épidémies surviennent de façon brutale en collectivité : elles touchent les enfants, adultes, personnes âgées et ce, plus particulièrement en hiver. Après une incubation de 12 à 48 h, une diarrhée aqueuse se produit, associée à des vomissements pendant 2 à 6 jours.
Trois grands types de norovirus humains non transmissibles à l'animal ont été décrits : GGI (8 génotypes), GGII (19 génotypes) et GIV. L'émergence de nouveaux variants antigéniques est liée à des glissements antigéniques ou à des recombinaisons au sein de ces génogroupes. C'est le génotype GGII.4 qui est à l'origine de la majorité des atteintes chez l'homme. Or l'analyse phylogénétique des souches GGII.4 au cours des 20 dernières années montre que les norovirus subissent tous les 2 à 3 ans environ une dérive génétique.
En 2012, après une stabilité de 3 ans, un nouveau variant a été détecté dans les pays de l'hémisphère sud. Il devrait rapidement diffuser et être à l'origine d'épidémie dans la moitié nord du globe l'hiver 2012-13.
Rotavirus : beaucoup de variations et un vaccin
Les génotypes G1P [8], G2P [4], G3P [8], G4P [8] et G9P [8] des rotavirus de groupe A sont considérés comme habituels chez l'homme. Mais leur distribution varie selon les années. Ainsi G9P [8] a émergé au début des années 2000 pour connaître un pic épidémique en 2004-2005 et n'être plus qu'anecdotique actuellement. Depuis 2011, c'est le génotype G12 [15,16] et les génotypes G6 et G8 qui représentent au total entre 20 et 40 % des germes en cause en France.
Ces distributions varient selon les régions dans notre pays et, bien sûr, selon les continents. En 2012, on considère qu'il existe un vrai risque d'émergence pour des génotypes dits inhabituels : G5, G8 et G12 surtout, mais aussi G6 et G10.
Ce risque est néanmoins influencé par l'existence d'une vaccination dans les pays où elle est pratiquée : en Finlande, le taux de couverture est de 92 %, en Belgique de 93 % et en Autriche de 97 %.

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